Sarphati Amsterdam brengt expertise uit verschillende organisaties bij elkaar. Deelnemende organisaties zijn de gemeente Amsterdam (de GGD), het Amsterdam Universitair Medisch Centrum (Amsterdam UMC, locaties AMC en VUmc) , de Vrije Universiteit (VU), de Universiteit van Amsterdam (UvA) en de Hogeschool van Amsterdam (HvA). De samenwerking komt ook terug in de aansturing van de organisatie.

De aansturing bestaat uit een Governing Board waarin alle partners zitting hebben, een directie en het operationeel team van Sarphati Amsterdam. Daarnaast is er een netwerk waar onderzoekers en mensen uit de praktijk elkaar kunnen ontmoeten: Sarphati Community.

De Governing Board bestaat uit de wethouder belast met de portefeuilles Zorg en Maatschappelijke ontwikkeling & Publieke gezondheid en Preventie en de bestuurders van de kennisinstellingen. De Governing Board geeft de strategische en financiële kaders aan, houdt toezicht op de implementatie van de strategie en keurt onder meer het jaarplan en de begroting goed.

De directie en het operationeel team van het Sarphati Amsterdam zijn verantwoordelijk voor de implementatie van de strategie, de dataverzameling, het datamanagement, de hele organisatie daar omheen en de communicatie. De directie legt verantwoording af aan de Governing Board.

Naast het cohort is er Sarphati Community: een netwerk gericht op kennisdeling, het stimuleren van het gebruik van het Sarphati Cohort en het verbinden van diverse partijen. Bij elke kennisinstellingen is een coördinator aangesteld die het eerste aanspreekpunt is. De coördinatoren zorgen samen met de directie en het Sarphati team voor uitvoering van alle activiteiten, waaronder het organiseren van diverse bijeenkomsten.